Η ιστορική και θαυματουργή εικόνα της Παναγίας Καλυβιανής, βρέθηκε το 1873, στα κτήματα ενός Τούρκου από τα Καλύβια, όπου βρισκόταν και το παλιό, μικρό εκκλησάκι της Παναγίας.
Οι χριστιανοί της περιοχής, κατόρθωσαν να εξασφαλίσουν διαταγή του διοικητή Κρήτης για να το αγοράσουν και να το χρησιμοποιούν προς τιμήν της Θεοτόκου.
Ο Τούρκος ιδιοκτήτης της περιοχής. όμως, εξακολουθούσε να αντιδρά και έβαζε μέσα στην Εκκλησία το άλογό του. Ο αγάς είχε ένα παιδί παράλυτο στο κρεβάτι πολλά χρόνια και δεν υπήρχε ελπίδα να θεραπευθεί.
Η Χανούμ και μητέρα του παιδιού ήταν ευσεβής μουσουλμάνα. Ένα βράδυ, της παρουσιάστηκε η Παναγία στον ύπνο της και της ζήτησε να καθαρίσει και να θυμιάσει και ότι μετά θα γίνει καλά το παιδί της. Συγκλονισμένη η γυναίκα, αποφάσισε να εκτελέσει την εντολή τη Παναγιάς.
Όταν επέστρεψε στο σπίτι, το παράλυτο παιδί έλειπε από το κρεβάτι του. Ξαφνικά, παρουσιάστηκε μια γειτόνισσα και ανάγγειλε ότι το παράλυτο παιδί παίζει στην πλατεία του χωριού.
Ο αγάς δεν άργησε να φανεί. Είδε το θαύμα και εκστατικός πληροφορήθηκε από τη γυναίκα του τα συμβάντα.
Τότε με ευλάβεια προσευχήθηκε και ομολόγησε ότι είναι αληθινή η πίστη των Ρωμιών και ότι παραχωρεί την Εκκλησία στους χριστιανούς με όλη τη γύρω περιοχή.